開發低成本、高性能的豬SNP芯片對我國豬分子育種和遺傳分析具有重要意義。
近日，中國農業大學動物科學技術學院教授丁向東團隊開發了首款豬50K液相芯片——GBTS50K，包含52000個SNP位點，其SNP檢出率和個體檢出率為0.997~0.998。相關研究論文在《農業科學學報(英文)》 (Journal of Integrative Agriculture，JIA) 2025年5期正式發表。
靶向捕獲測序（GBTS）基因分型技術同時具備固相芯片技術（高穩定性和可靠性）和測序技術（高靈活性和低成本）的優點。然而， GBTS技術尚未應用于豬SNP芯片上。該研究基于GBTS技術，開發了首款豬50K液相芯片——GBTS50K，包含52000個SNP位點。
研究團隊選取來自10個種豬場的6032頭大白、長白和杜洛克豬，對GBTS50K的性能進行評估。結果表明，GBTS50K獲得了較好的基因分型性能，其SNP檢出率和個體檢出率為0.997~0.998，重復樣本的基因分型一致性和相關系數分別為0.997和0.993。
GBTS50K在遺傳分析和分子育種上表現優異。例如，對于達100公斤體重日齡和100公斤活體背膘厚兩個重要經濟性狀，使用GBTS50K的基因組選擇準確性高于目前使用廣泛的GGP-Porcine固相芯片。并且，由于GBTS技術能夠檢測到多聚SNP位點，GBTS50K在不增加基因分型成本的情況下能夠獲得更多高質量SNP位點（~100K）。利用這些SNP位點進行單倍型基因組選擇，生長和繁殖性狀基因組選擇的準確性可以進一步提高2-6%。
該研究表明，GBTS50K可以成為豬遺傳分析和分子育種的有力工具，同時，也能夠給其它畜禽液相芯片開發提供借鑒。
丁向東為該文章的通訊作者，中國農業大學碩士研究生張梓鵬為第一作者。該研究得到了山東省重點研發、國家現代農業產業技術體系和國家重點研發計劃的資助。
相關論文信息：https://doi.org/10.1016/j.jia.2023.07.033
本文鏈接：首款低成本高性能的豬SNP液相芯片開發成功http://m.sq15.cn/show-11-22293-0.html
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